温州大学物理与电子信息工程学院现有凝聚态物理、理论物理和计算机应用技术三个硕士点，物理教学论和计算机教育两个课程与教学论硕士学位点的研究方向。
      一、凝聚态物理
      凝聚态物理硕士点2003年由国务院学位委员会批准设立，2004年开始招收研究生。
      凝聚态物理硕士点依托学院物理学专业和凝聚态物理研究所雄厚的师资力量和研究条件开展科学研究，培养具有扎实专业基础和科研能力的硕士研究生。现有教授10人，副教授15人，博士11人。其中浙江省特聘教授1人，教育部“新世纪人才支持计划人选1人，浙江省高校重点资助中青年学科带头人1人，浙江省“151人才工程”和温州市“551人才工程”培养人员8人。
      凝聚态物理硕士点研究领域宽广，目前的主要研究方向有章林溪教授课题组的高分子凝聚态研究、林振权教授课题组的软物质物理研究、郑亦庄教授课题组的凝聚态在量子信息中的应用研究、万里和袁先漳博士课题组的凝聚态材料研究、池贤兴教授课题组的原子团簇物理研究以及杨光参博士课题组的生物单分子检测与操纵研究。课题组的研究活动活跃，其中生物大分子折叠行为、自然界和社会系统聚集生长过程动力学演化行为等课题的研究处于国内领先地位，获得3项国家自然科学基金和5项浙江省自然科学基金的资助。研究成果在国际权威期刊Nature、Physical Review E、Journal of Physics B、Physics Letters A、European Physics Journal B，以及中国物理学权威期刊Chinese Physics Letters、Communications in Theoretical Physics、Chinese Physics等刊物上发表论文200余篇，其中被国际权威检索机构索引的SCI、EI文章100余篇。研究成果获得浙江省科学技术进步奖、浙江省高校科研成果奖等多项奖励。
       凝聚态物理硕士点与日本广岛大学、加拿大多伦多大学、美国宾州印第安纳大学以及浙江大学、中国科技大学、北京师范大学等国内外多所大学建立合作关系，有着良好的科研合作与交流活动。
        二、理论物理
        理论物理硕士点2005年由国务院学位委员会批准设立，从2007年开始招收研究生。
        理论物理是研究物质的基本结构和基本运动规律的一门学科，建立在实验和观测的基础之上，通过归纳和数学推演找出现象背后的物理规律，最后回归实践，指导实验和观测。它以解析分析与数值计算为手段，研究物质在不同层次上的基本物理规律。本专业主要培养具有坚实的理论物理基础和必要的数学功底，了解学科发展前沿，能够从事理论物理方面的科研教学的人才。我校研究方向有复杂体系量子物理、场论与数学物理、量子信息与量子调控、软物质物理和生物物理理论。理论物理专业目前共计有十余位指导教师。这批教师年龄在31岁-50岁之间，正处于科学研究的活跃时期，并且已在各个领域取得了一定科研成果。
        三、计算机应用技术
         计算机应用技术硕士点2005年由国务院学位委员会批准设立，从2007年开始招收研究生。该硕士点旨在培养在计算机应用技术方面，具有坚实宽广的基础理论和系统的专业知识的高级应用与研究人才，目前主要研究方向有（1）数据库技术与智能信息处理（2）自然计算理论与应用（3）信息技术教育应用（4）计算机辅助设计与现代图形图象处理（5）智能网络与分布信息系统（6）计算机检测与控制技术
        四、物理教学论
        物理教学论是温州大学课程与教学论硕士学位点的一个研究方向，2005年由国务院学位委员会批准设立，从2007年开始招收研究生。该方向主要培养面向基础物理与高等物理教育需要的在教育教学及教育管理方面具有创新意识和科研能力的教师和研究人员。具体的研究方向有：物理课程研究、物理教学研究、物理实验教学研究、物理教学与现代教育技术整合等。该研究方向自2007年开始招生，目前有硕士研究生导师2人（副教授），在读研究生2人，近几年累计发表学术论文30多篇，其中国家一级期刊3篇，二级期刊10多篇，还有多篇论文被中国人大书报资料中心全文复印。
        五、计算机教育（信息技术教育）
        计算机教育是温州大学课程与教学论硕士学位点的一个研究方向，2005年由国务院学位委员会批准设立，从2007年开始招收研究生。本专业的研究方向为信息技术教育。主要研究内容包括，信息技术课程体系与教学设计、信息技术课程评价系统研究、信息技术与学科教学整合、信息化教学环境建设与资源开发等。